Сюжет

Минуло несколько лет после того как весь мир потрясла Третья мировая война шиноби. Юнцы, сражавшиеся тогда за собственные селения и защищающие своих близких и друзей, возмужали и повзрослели. Те шиноби, что в пору войны были молоды и не приняли в ней участия, окрепли и стали сильнее. Теперь они крепко стоят на страже своих деревень, готовые защищать родное селение даже ценой собственной жизни. Война научила их многому и многое изменило в их жизни.

Так, во времена Третьей войны обрел известность марионеточник Сасори, невероятно ловко управляющегося со своими самодельными созданиями. В пору Третьей войны стал известен Намикадзе Минато, прослыв Желтой Молнией селения скрытого Листа. Хатаке Какаши, сын Белого клыка, становится джоунином и получает шаринган своего лучшего друга - Учихи Обито. Молодой Якуши Кабуто оказывается найденным среди убитых шиноби на поле битвы, и шиноби-медик из отряда скрытого Листа берет его в деревню и растит как собственного сына. Учиха Итачи, увидевший все ужасы этой войны, понимает, что будет стремиться к миру любой ценой. Селение скрытого Дождя начинает сопротивляться режиму Ханзо - множество шиноби, среди которых Яхико, Нагато и Конан, организуют тайные сообщества. Ханзо, в свою очередь, опираясь на поддержку от лидера Корня - Данзо, пытается подавить мятежных шиноби, объявляя их вне закона. В селении скрытого Тумана трагично погибает Суйказан Фугуки, обладатель великого меча - Самехады, и его место занимает молодой и амбициозный Хошигаки Кисаме. Тогда же Момочи Забуза получает зловещее прозвище Демона скрытого Тумана, убив всю сотню выпускников, а лидер Тумана прекращает смертельные экзамены. Селение скрытого Листа покидает Орочимару, когда его зверские эксперименты над людьми оказываются раскрыты. В качестве временного пристанища змеиный саннин выбирает селение скрытого Звука, организуя в стране Рисовых полей подземную лабораторию. Селение скрытого Облака теряет выдающегося шиноби своего времени - Третьего Райкаге, сразившегося в одиночку с десятью тысячами врагов. Место лидера деревни занимает сын Третьего - Йоцуки Эй. Селение Листа теряет двоих выдающихся шиноби - Узумаки Кушину и Намикадзе Минато, которые вдвоем останавливают девятихвостого Кьюби и запечатывают его в собственного сына - Наруто.

Но годы неумолимо текут, искажая вехи истории до неузнаваемости. Многие из тех шиноби, которые когда-то доблестно защищали свое селение, уже пересмотрели свои взгляды и выбрали иные пути. Так благодаря Сасори из Красных Песков бесследно исчезает Третий Казекаге, а сам марионеточник покидает селение. Потеря столь сильно шиноби заставляет отца Гаары, ставшего Четвертым Казекаге, создать смертоносное оружие из собственного сына, поэтому он приказывает Чие запечатать в Гаару однохвостого демона - Шукаку. Тем временем Хошигаки Кисаме покидает скрытый Туман, чтобы выбрать свой собственный путь.  В скрытом селении Тумана Мизукаге становится Теруми Мэй, очаровательная куноичи с двумя редкими элементами, которая вместе со своими сторонниками смещает Ягуру - джинчуурики треххвостого Санби - и завершает его кровавое правление. Вскоре в селении скрытого Листа происходит ужасное событие - деревня в одну ночь лишается практически всех обладателей шарингана - выживает лишь Учиха Саске, а его старший брат уходит из Листа, заставляя всех считать убийцей клана именно его.

И вновь годы перелистывают страницы истории. Вот уже новое поколение успешно развивается, заставляя своих учителей и наставников с удивлением и опаской поглядывать на молодых и сильных шиноби. Скрытый Лист отправляет отряд Хатаке Какаши в страну Волн, где шиноби сталкиваются с Момочи Забузой и двумя нукенинами скрытого Тумана. В ходе схватки обладатель шарингана побеждает мечника, но добить его не удается - тело уносит неизвестный нин-хантер. После долгих раздумий Хатаке приходит к выводу, что тот спас Забузу, однако, обладатель Обезглавливателя как сквозь землю провалился. Выполнив задание, шиноби Листа возвращаются в родное селение, становясь для нукенинов Тумана врагами номер один.

Вскоре в деревне скрытого Листа происходит еще одно масштабное событие - экзамены на звание чуунина. Желающих невероятно много и Орочимару вынашивает планы мести сильнейшей деревне, но в последний момент Четвертый Казекаге отказывается от участия в плане змеиного саннина и не дает тому сорвать экзамен. Нападения удается избежать и в деревне появляются новые чуунины. Третий Хокаге и Четвертый Казекаге, присутствовавшие на нем, по достоинству оценили возможности вчерашних генинов. Весь выпуск Умино Ируки, в том числе и  Узумаки Наруто, удостоился чести стать чуунинами, хотя в парня с полосками на щеках никто особо не верил, кроме его учителей. Учиха Саске, оказавшийся в одном ряду с Наруто, наконец-то замечает, что его товарищ по команде стал сильнее.

А время не собирается останавливаться, заставляя каждого шиноби вновь встать перед выбором..